Հակաբիոտիկների առանց համապատասխան ցուցումների կիրառումը կարող է բերել ալերգիկ ռեակցիաների, ինչպես նաև հանգեցնել աղիների յուրահատուկ մանրէային բորբոքման զարգացմանը: Հակաբիոտիկները բացասաբար են ազդում նաև մարդու օրգանիզմում բնակվող օգտակար մանրէների վրա:
Բայց սա ամենևին չի նշանակում, որ հակաբիոտիկները կորցնում են իրենց կարևոր, հաճախ կյանք փրկող դերը: Շատ հիվանդությունների բուժման համար պետք է կիրառվեն հակաբիոտիկներ: Սակայն պետք է լինեն նշանակման հստակ ցուցումներ, իսկ դեղամիջոցի տեսակը, դեղաչափը և տևողությունը պետք է համապատասխանեն արդի բժշկագիտության մոտեցումներին: Հակառակ դեպքում` հնարավոր է կայունություն առաջանա հակաբիոտիկի հանդեպ և այն այլևս պացիենտի բուժման գործում ազդեցություն չունենա:
